Beckett utiliza la interacción entre sus personajes para simbolizar el tedio y la carencia de significado de la vida moderna, ambos temas principales del existencialismo. El crítico Vivian Mercier resumió los dos actos de la obra en: "nada ocurre, dos veces". Otro crítico, referiéndose a las interminables escenas y a la escasez de personajes, resumió su crítica con una frase de la propia obra:
"¡Nada ocurre, nadie viene, nadie va, es terrible!"
A pesar de esa frialdad, sin embargo, la obra también presenta momentos de comedia, que recuerdan el hieratismo de la comedia de Charlie Chaplin o Buster Keaton. Algunas escenas que incluyen juegos con sombreros, fueron adaptadas de los Hermanos Marx, y quizás el número de personajes (cuatro, de los cuales uno es mudo y otro tiene un nombre italiano) podría basarse en lo mismo. El crítico Kenneth Burke argumentó que la relación de Vladimir y Estragon está basada en la de El Gordo y el Flaco.
Muchos lectores de esta obra han interpretado que el personaje Godot representa simbólicamente a Dios, pues no aparece en ningún momento y la espera sin objetivo claro de Vladimir y Estragon representaría la espera de las masas por un ser que jamás aparecerá. Es una interpretación bastante popular de la obra, pero el mismo Beckett lo negó taxativamente durante toda su vida: "Si por Godot hubiera querido decir Dios, habría dicho Dios y no Godot".
Otras interpretaciones mantienen que Pozzo representa el papel de explotador o dictador, dado su abuso tiránico de su criado y esclavo Lucky, quien ni siquiera piensa si no se le ordena (y cuando lo hace se niega a escuchar las órdenes de Pozzo durante un tiempo). Pozzo usa la búsqueda de Godot para hacer que Vladimir y Estragon se queden y hablen con él, paralelismo con el uso de la devoción a Dios de las masas por parte de los líderes oportunistas para su propio beneficio.
Éste fue el tercer intento de Beckett en el campo del drama después de una obra que no llegó a terminar sobre Samuel Johnson, y la mucho más convencional Eleutheria (que Beckett eliminó después de escribir Godot).
